硬件生信专用高性能计算机配置指南(续):关于配置和机箱腾讯云开发者社区

R程序跑得多了,自然而然会想搞一台高性能计算机(High Performace Analytic Computer,以下简称HPAC),毕竟经常好几G的数据读来写去,矩阵计算家常便饭,对CPU算力,内存和硬盘都有比较高的要求。

虽然HPAC相比每平米房价不算个啥,但时代的一颗灰落到个人身上都是一座山,因此不少小伙伴还是限于经济望而却步。但横向来看,毕竟一台好的游戏主机也要好几万;纵向来看,如果看远一点,购买HPAC和发文章的数量肯定是正相关的,或许可以和老板商量,从实验室或小组的经费里拨点赞助,或者下班后可以加班去开滴滴送快递呀,或者街头唱歌的时候脚下放顶帽子,反正办法肯定是有的啦。如果你继续往下看,那么我就假设你已经有办法解决了经济问题,接下来我们将讨论在1.5-2.5w的范围内配置一台HPAC如何选择性价比最高,以及需要考虑哪些问题。

如果光说服务器,这个概念稍微有点局限,因为服务器强调稳定,一开机就5、6年不用关机的那种稳定,对CPU的性能的需求是放在稳定之后的。但讨论HPAC,首先还是要从CPU开始说起。

CPU当然是以多线程为佳,AMD的线程撕裂者(Threadripper)就是最好的选择,但Intel长于算法,在功率相对较低的情况下,通过优化算法也能达到四两拨千斤的效果,比如Intel著名的MKL库(Math Kernel Library)[1],后面我们还会出相关的评测。

假如仅仅是一般的ngs数据处理,其实1w左右就能搞定,但技术是在不断进步的,既然配置HPAC是一笔不小的投资,我们就应该稍微往前看一点。比如目前处理单细胞数据的10x Genomics 的 Cell Ranger ,它给出的最低配置要求是:

结合1.5-2.5w的预算,我们就选择了中上游的AMD的线程撕裂者2950X(基频3.5G,16核/32线程,L2+L3缓存 40M,支持超频,TDP功率180W, 支持DDR-2933)和Intel的至强4212(基频2.2G, 12核/24线程, 16.5M 缓存, 支持超线程,TDP功率85W, 支持DDR4-2400)两款CPU为核心,配置了两款HPAC。

第一款是基于AMD CPU自行组装的一台HPAC,经过实际测试,兼容性良好,稳定且性能优异,具体配置如下:

价格不包含运费

参考价格:¥ 18000 + ¥ 8000(显卡可选)

第二款我们直接在戴尔官网选择了PowerEdge T640主机,由于经费有限,基本全部是按默认选项来的,具体配置如下:

价格包含包装和运费

参考价格:¥ 24999

经过测试,两款机器稳定性和兼容性都属上乘,实际性能第一款AMD主机要略胜一筹,我们后面还会推出详细的测评。

我们先来看看第一款机器的机箱,可以看到虽然比普通PC,但相比戴尔的塔式机箱还是要小巧很多的,而且显得那么低调有内涵。

(Air 540机箱正面图)

这是后视图,可以看到兼容和扩展能力也是很强的,虽然机箱不大,但最多可以安装4个显卡做GPU深度学习用,而且散热能力非常强,所以这款配置是一款经得起考验的配置。

(Air 540机箱背面图)

第二款戴尔主机就显得要大很多,长度达到了70cm,比普通冰箱还要长一截,而且重达40斤,加包装的话更重,要两个人才能抬得动。

(戴尔T640前视图)

打开机箱可以看到浓浓的服务器味道,布局敞亮,散热通道明显,扩能能力超强。

(戴尔T640开箱图)

那么每个朋友的情况是不一样,是选组装机还是品牌机,简单来说,我们以动手能力和对硬件了解的程度画一个XY轴,那么结果就显而易见了。

(选择组装还是品牌)

总的来说,以AMD为核心的HPAC,优点是:

不足之处也是有的:

这里有同学可能不理解普通内存为何会影响到稳定性。其实19年的时候基因学苑[2]就发现在普通高配置电脑上长时间运行GATK容易出错,最终确认是普通内存缺乏容错机制引起的,而服务器的内存,一般是带有寄存器和ECC的(简称REG ECC或RECC),可以自动纠错,从而保证在超长时间运行的时候内存内不会发生字节读写错误。因此基因学苑推荐如果是做临床数据的话,还是选择服务器为佳。

如果说选购服务器,戴尔自然是首选。虽然戴尔其实也是卖组装机,从各个厂家采购配件,自己组装后再卖给客户,但作为老牌电脑供应商,戴尔电脑的兼容性和稳定性口碑还是不错的。表扬的话先不说了,我们先从戴尔主机的缺点说起:

当然,站长买的就是戴尔,站长对戴尔的优点自然最有发言权,比如:

最后,感谢唐渊博士为本文提供相关硬件信息和校对阅读,唐博还为喜欢自己动手组装的同学分别推荐了目前最新的 Intel 平台和 AMD 配置选购指南,后台回复:选购指南,即可下载。

THE END
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